GKSS adalah gereja yang dibentuk dari jemaat-jemaat di kalangan masyarakat Bugis, Makassar dan Sulawesi Selatan pada 12 Juni 1966.Penginjilan di daerah ini sudah berlangsung sejak tahun 1933 oleh Gereformeerde Kerk in Nederlands (GKN) dan Indische Kerk (Gereja Protestan Indonesia), dan kemudian juga Vereenigde Nederlandse Zending (VNZ). Jemaat-jemaat yang terbentuk mengalami banyak penghambatan pada masa pendudukan gerombolan DI/TII pimpinan Kahar Muzakkar; di antarnya banyak yang dipaksa meninggalkan imannya. Pada 6 Agustus 1949 dibentuk Badan Pengurus Bakal Gereja Bugis dan Makassar Selebes Selatan. Badan ini terwakili dalam Madjelis Keristen, yang turut men dirikan Dewan Geredja-geredja di Indonesia pada 25 Mei 1950 di Jakarta. Kini GKSS terdiri atas 36 jemaat yang diorganisir dalam 6 klasis dan dilayani leboih 40 pendeta, termasuk sejumlah pendeta perempuan.